黑龍江流域博物館分為序館、自然館、歷史文化館、民俗館、民俗演藝館等5個(gè)分館。博物館高度濃縮了黑龍江流域的自然、歷史、文化變遷。展館采用聲光電等先進(jìn)技術(shù)，以及場景模擬、實(shí)景再造等生動布展方式，營造出濃郁的北方民族特色，讓參觀者從中深刻感受黑龍江流域自然、歷史、文化的變遷。

走進(jìn)自然館，人們可以看到“活靈活現(xiàn)”的東北虎、黑龍江流域少數(shù)民族的“全家?！?、跨越千年的鱘鰉魚標(biāo)本、靜靜的“白樺林”，還可以看到石墨、黃金等代表黑龍江流域豐富自然資源的數(shù)十種礦石標(biāo)本。